Cette étude identifie le chimpanzé Pan troglodytes troglodytes comme le réservoir naturel du virus. Dès 1989 la mise en évidence par deux chercheurs de l’IRD, Martine Peeters et Eric Delaporte de l’infection, au Gabon, d’un chimpanzé captif par un virus proche du VIH-1, le SIV cpz, avait suggéré que la présence du VIH-1 dans la population humaine résultait d’une transmission inter-espèces.
Les chimpanzés sont en effet des proteurs sains du SIVcpz qui se transmet à l’homme vraisemblablement par la chasse et la consommation de viande de brousse infectée. Par la suite seuls de rares chimpanzés captifs originaires du bassin du Congo furent retrouvés porteurs du SIV cpz par les équipes qui publient cette étude dans Science. Aussi, de nombreuses incertitudes persistaient sur le réservoir naturel.
Les chercheurs ont donc voulu étudier la prévalence de ce virus chez les chimpanzés sauvages. Pour ne pas perturber cette espèce menacée, les scientifiques ont mis au point une méthode originale, non invasive, à partir de l’analyse des fèces.
Ils ont pour cela analysé 599 échantillons de fèces de différentes communautés de chimpanzés collectés dans les régions les plus reculées de la forêt tropicale camerounaise. A partir de ces échantillons, les chercheurs ont isolé en laboratoire les anticorps anti SIVcpz et séquencé l’ARN viral présent dans les fèces. Et pour la première fois, ils ont observé des communautés de chimpanzés dans lesquelles le virus SIVcpz est très répandu.
Chez certaines, près de 35 % des individus sont porteurs du virus. Ils ont ainsi mis en évidence au moins 16 souches différentes du virus SIVcpz, dont certaines très proches du VIH-1 groupe M, le virus responsable de la pandémie et d’autres proches du VIH-1 groupe N, une souche non pandémique.
Cette étude a ainsi permis d’identifier le réservoir naturel du virus VIH-1, la sous-espèce de chimpanzés Pan troglodytes troglodytes. Cette découverte est le résultat de plus de quatre années de recherche sur les singes sauvages menées par une équipe française (Fran Van Heuverswyn, Martine Peeters et Eric Delaporte de l’UMR 145 associant l’IRD et l’université de Montpellier), l’université de l’Alabama ( Béatrice Hahn et ses collègues), l’université de Nottingham (Paul Sharp et ses collègues) et le Projet PRESICA au Cameroun (Eitel Mpoudi-Ngole et ses collègues).
Martine Peeters de l’IRD souligne que " le réservoir naturel du VIH est établi mais il ne faut pas le confondre avec l’origine de la pandémie ". Un des enjeux des recherches futures sera donc de déterminer pourquoi la localisation du réservoir naturel est différent des aires géographiques où les premiers cas de la maladie sont apparus mais également pourquoi seul le VIH-1 du groupe M s’est diffusé, provoquant une épidémie mondiale.
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